En sus instalaciones, se combina el discurso museográfico relacionado con el proceso de Autonomía de Andalucía, la difusión de la vida y obra de Blas Infante, la investigación científica sobre la historia contemporánea de Andalucía, las exposiciones temporales, así como un programa anual de actividades tanto para niños como para adultos, que completan la oferta cultural, educativa y lúdica de este Museo de todos los andaluces.
La Exposición Permanente propone un singular recorrido por la trayectoria del pueblo andaluz hasta la consecución de la autonomía, a través de sus principales acontecimientos históricos, protagonistas, instituciones de representación y símbolos propios (destacando especialmente elementos como la bandera o el escudo original creados por Blas Infante, que alberga el Museo).
Los contenidos de la exposición se dividen en dos secciones fundamentales. La primera se compone de diferentes bloques cronológicos, desde los primeros pasos hacia la Autonomía en 1868 –inicio del Sexenio revolucionario– hasta la reforma del actual Estatuto de Autonomía de 2007. Es a partir del siglo XIX cuando se producen los primeros procesos regionalistas y autonomistas. Hasta la Andalucía que conocemos en nuestros días la historia ha ido dejando a su paso otros importantes hitos que configuran la línea cronológica que sigue esta Exposición: desde la Guerra civil y la Dictadura (entre 1936 y 1975); el proceso de Autonomía en las urnas (1980-1981) y el primer Estatuto de los andaluces (1981-1982); hasta los logros de Andalucía en nuestro tiempo presente (a partir de 1982 hasta hoy).
La Exposición Permanente se acompaña también de producciones audiovisuales, realizadas a partir de imágenes de archivo, relacionadas con la consecución de la Autonomía por parte del pueblo andaluz. En una de ellas diferentes personajes andaluces narran su experiencia en primera persona.
La segunda sección de la Exposición abarca los bloques temáticos denominados ‘Nuestras instituciones’, ‘Nuestros símbolos’ y ‘Nuestras gentes’. El primero trata de presentar el origen, las funciones y las características de las instituciones pertenecientes a la Junta de Andalucía: el Parlamento, la Presidencia y el Tribunal Superior de Justicia. El segundo recoge los símbolos oficiales y originales de Andalucía: la bandera, el escudo y el himno.
Es importante destacar que el Museo de la Autonomía de Andalucía cuenta en su colección con la primera bandera institucional de la Junta de Andalucía, confeccionada según la Declaración de la Comisión Promotora del Ente Regional de febrero de 1977 para presidir la que fuera, a partir del 4 de noviembre de 1978, la primera sede del Ente Preautonómico, el Pabellón Real de la Exposición Iberoamericana de 1929 en Sevilla, donde se izó por primera vez. Asimismo, el Museo cuenta entre sus fondos con la Primera Bandera de Andalucía diseñada por Blas Infante y confeccionada por su madre, Ginesa Pérez, una vez que se aprobó dicha bandera en la Asamblea de Ronda en 1918. La bandera ha pertenecido desde su realización a la familia de Blas Infante hasta que la Junta de Andalucía adquirió la Casa en el año 2001, por lo que en la actualidad pertenece al Centro de Estudios Andaluces.
Entre los símbolos de Andalucía, se encuentra también un cuadro con la primera versión del Escudo de Andalucía procedente de la Casa de Blas Infante, que se exhibió por primera vez en la Asamblea de Ronda de 1918, actualmente expuesto en la sala permanente del Museo. Asimismo, se exhibe el escudo original de Andalucía que coronaba la puerta de la Casa de Blas Infante y que fue encargado por el propio padre de la patria andaluza al ceramista Pedro Navia.
Del mismo modo el museo custodia la partitura del himno de Andalucía, compuesto por el maestro Castillo sobre una idea original de Blas Infante.
Además de los símbolos de Andalucía, el Museo custodia entre sus fondos la Pizarra original del referéndum de 28 de febrero de 1980, donada en depósito por el Parlamento de Andalucía, y la Pizarra original de seguimientos de datos del referéndum de 20 de octubre de 1981 (que supuso la aprobación del Estatuto de Autonomía).
Por último, el bloque ‘Nuestras gentes’ representa un campo de girasoles donde cada uno de ellos contiene un personaje importante en la historia de Andalucía. A un lado se encuentra una pantalla donde se proyecta la imagen de los que han sido nombrados hijos predilectos y medallas de Andalucía.