Aguirre salió elegido en segunda votación, en el pleno de las Juntas Generales, ya que en la primera, que también ganó, no obtuvo la mayoría absoluta requerida.
En la segunda ronda, PP y PSE mantuvieron el voto a su propio candidato, permitiendo así que Aguirre, el tercero más votado en las elecciones de mayo, se convirtiera en diputado general, con los 16 votos de los junteros del PNV y EA .
Javier de Andrés, del PP, consiguió 15 votos, los mismos que el socialista Juan Carlos Prieto, que recibió el apoyo de los 14 diputados del PSE y uno de EB. El candidato de ANV, Aitor Bezares, recibió cuatro votos, mientras que el único representante de Aralar se abstuvo.
El PNV tiene así los tres diputados generales, de Vizcaya, Guipúzcoa y Álava, a pesar de que el socialista Miguel Buen fue el más votado en Guipúzcoa y el popular Javier de Andrés en Álava, en los comicios del 27-M.
Las Diputaciones vascas tienen un alto poder, ya que son las encargadas de recaudar los impuestos, de la construcción de las carreteras y del bienestar social.
Aguirre tendrá ahora que gobernar en minoría, con 16 votos, aunque son los mismos que tuvo en los últimos cuatro años el diputado general al que sustituye, Ramón Rabanera, del PP.