El acto central de la estancia del Papa en Madrid, que llegó a la capital el 18 de agosto y la abandonó el día 21, fue la vigilia y la misa celebrada en el aeródromo de Cuatro Vientos, del sábado al domingo. Fueron más de 1,5 millones de jóvenes, llegados de todo el mundo, los que se concentraron en este espacio para participar en la vigilia y asistir al oficio religioso a cargo del Papa Benedicto XVI. Allí, los chicos tuvieron que soportar temperaturas muy elevadas, que se acercaron a los cuarenta grados, y después, en plena misa, una espectacular tormenta, que hizo callar al Papa durante unos veinte minutos, aunque no abandonar el escenario pese a las insistentes recomendaciones de sus asistentes. Allí, el Pontífice anunció que la próxima edición del evento religioso será en Brasil en el año 2013.
Ya a su llegada a Barajas tres días antes, Benedicto XVI pudo ver por el acogedor recibimiento que su visita a Madrid sería muy satisfactoria y plácida, también para el Gobierno, que no tuvo que escuchar ninguna crítica a sus acciones, que en ocasiones encontraron la respuesta de la Iglesia católica. En esta ocasión, no fue así, por lo que se entiende que la estancia del Papa en España con motivo de las Jornadas Mundiales de la Juventud refuerzan las relaciones del Gobierno con el Vaticano. En Barajas, el 18 de agosto, eran numerosos los jóvenes que esperaban ilusionados la llegada del Papa. Las autoridades, encabezadas por los Reyes y el presidente del Gobierno, José Luis Rodríguez Zapatero, recibieron al Pontífice. Ese mismo día, miles de jóvenes recibieron al Papa en la Plaza de Cibeles. Ya en la jornada siguiente, se produjeron las más destacadas reuniones institucionales, con el Rey, y, porteriormente, con el presidente del Gobierno.
En esa misma jornada, el Papa presidió el Vía Crucis, que comenzó en la Plaza de Cibeles y recorrió el Paseo de Recoletos, ya que a lo largo del mismo se colocaron los quince pasos procedentes de diferentes rincones de la geografía nacional.
Antes, Benedicto XVI se había reunido con religiosas jóvenes en el Patio de los Reyes de El Escorial y con profesores universitarios jóvenes en la Basílica. Ya en la jornada del sábado, antes de la vigilia, el Papa confesó a algunos jóvenes en los Jardines del Buen Retiro y ofició una misa con seminaristas en la catedral de Santa María la Real de la Almudena.