Entre los procesados se encuentra la alcaldesa de Mondragón, Inocencia Galpasora, de la que el magistrado señala que actúa con sumisión respecto a ETA.
En el auto emitido por Baltasar Garzón, que cita, también a Joseba Permach y Pernando Barrena -que son dirigentes de Batasuna-, señala que esta organización ilegalizada se sirvió del PCTV para disponer de un total de 837.000 euros, conseguidos a través de la participación en las instituciones democráticas, para conseguir en mantenimiento del entramado político de la banda terrorista.
Otra acusación que lanza el magistrado, en un auto que consta de un total de 583 folios, consiste en que los responsables de estas organizaciones se aliaron con entidades ilegalizadas como Segi y Askatasuna con el objetivo de llevar a cabo campañas en contra de la construcción del tren de alta velocidad en el País Vasco. En el auto se explica que Batasuna, que fue ilegalizada ya en el año 2003, se siguió renovando cada vez que los miembros de su Mesa Nacional eran detenido, con el nombramiento de nuevos integrantes.
En cuanto al PCTV y a ANV, señala el juez Baltasar Garzón que son nuevas marcas de Batasuna que ya perdieron su carácter autónomo y que pasaron a cumplir la función que antes desempeñaba Batasuna en cuanto a liderar el frente institucional de ETA.