La Guardia Civil detuvo a nueve presuntos dirigentes de EKIN en distintos puntos del País Vasco, Navarra, Cantabria y Aragón. La operación se desarrolló bajo la dirección del Juzgado Central de Instrucción nº 3 y de la Fiscalía de la Audiencia Nacional de Madrid. Los detenidos son Ugaitz Elizarán y Urko Asier Ayerbe (en Guipúzcoa); Aniaiz Ariznabarreta (en Noja, Cantabria); Egoitz Garmendia Vera (en Álava); Sandra Barrenechea Díez y Erika Bilbao Barcena (en Vizcaya); Eneko Compains Silva (en Cariñena, Zaragoza); y Rosa Iriarte y José Aldasoro (en Navarra).
La operación incluyó el registro de domicilios y locales utilizados por los detenidos. En total, se llevaron a cabo 28 en domicilios y locales, entre ellos dos herriko tabernas y un gaztetxe, en los que se localizó diverso material informático y documentación escrita para su análisis y estudio.La complejidad de la operación, así como la gran cantidad de registros realizados de forma simultánea, han requerido la movilización de más de 300 efectivos de diferentes unidades de la Guardia Civil. EKIN fue declarada organización ilegal por su integración en el complejo terrorista liderado por ETA, en una sentencia de la Sección Tercera de la Sala de lo Penal de la Audiencia Nacional, de fecha 19 de diciembre de 2007. En dicha sentencia, el tribunal consideró acreditado que EKIN fue creada para intentar sustituir a KAS, la tradicional organización que codirigía junto a ETA la estrategia terrorista e impulsaba al resto de organizaciones del entramado.
La Audiencia Nacional definió a esta organización como “parte de las entrañas de ETA”, y constató que EKIN “integra una parte de la organización terrorista ETA, no siendo simplemente una organización que le preste su apoyo”. Esta valoración fue avalada por el Tribunal Supremo en una Sentencia del 22 de mayo de 2009.De acuerdo con las investigaciones policiales, la desarticulación de EKIN supone la desactivación de una organización de enorme importancia para ETA, puesto que se trata de la columna vertebral de la izquierda abertzale, es decir, la parte del cuerpo de ETA-EKIN que garantiza que el resto de órganos y partes del entramado puedan funcionar y puedan estar activos. Por ello, los especialistas de la Guardia Civil consideran que esta operación supone un golpe de gran calado para la capacidad de ETA de ejercer su mando sobre las organizaciones del entramado terrorista, que limita enormemente su capacidad de activación social.
Además, la operación ha llevado a la desarticulación de toda la dirección de EKIN, algo que no se había producido desde el año 2001.El ministro del Interior, Alfredo Pérez Rubalcaba, considera que se resta “a ETA una parte de la capacidad para ejercer el mando sobre el entramado político y restar parte de su capacidad de movilización social”, mientras el líder del PP, Mariano Rajoy, elogió los arrestos y dijo “es ETA quien tiene que moverse y no las democracias”.